1962年7月，劉少軍出生于長沙市，父親劉筠當時在湖南師范學院(今湖南師范大學)任教，正致力于四大家魚的繁殖生理學及人工繁殖技術研究。劉筠為魚入癡，工作成狂。大女兒出生時，他在進行鰱魚人工繁殖研究，為孩子取名劉白鰱。老二出生時，他在研究草魚(又稱鯇魚)，便為二兒子取名劉鯇。到第三個孩子出生時，劉筠還想取個帶魚的名字，同在學校任教的夫人堅決反對：“家里已經有了兩條魚，不能一家都是魚。”最后，家中唯一沒有以魚取名的孩子劉少軍反而跟父親一樣，成了畢生以魚為伴的“魚院士”。
劉少軍記得，上幼兒園、上小學期間到了周末放假，父親就用板車拖著一家人去偏遠的漁場搞科研。在漁場，父親忙實驗，他就在岸邊將不要的小魚用罐頭瓶裝水養起來，就這樣認識了草魚、鯉魚、鯽魚那段難忘的日子，劉少軍對魚產生了濃厚的興趣，更從父親的言傳身教中體會到了科研的艱苦和堅持的可貴。
緊隨父親腳步，劉少軍把對魚的愛好做成了職業乃至奮斗一生的事業。1989年，他留校在湖南師范大學生命科學學院任教選擇了淡水魚遺傳育種研究作為自己的學術方向。1998年至1999年，他赴法國從事魚類分子生物學研究工作；2007年，獲國家杰出青年科學基金資助；2019年，當選中國工程院院士。劉少軍在父親開創建立的實驗室接力前行，帶領團隊成功獲批了淡水魚類發育生物學國家重點實驗室(省部共建)并擔任主任。
2015年1月21日劉筠去世后，劉少軍每年都會在年初寫一封信致父親。在信中，除簡略匯報家人安好、表達懷念之情，其余皆是關于實驗室的建設、團隊的科研成果和劉筠生前捐資建立的“劉筠獎學金”助學成績等情況。
